Sejarah kyai Gagak sipat atau nama aslinya Pangeran Gambir Anom yang sewaktu Pemerintahan Paku Buwono II (1729-1794) menjadi Raja di Keraton Kartasura bersama Mas Gerendi putra pangeran Teposono mengadakan pemberontakan melawan Belanda. Tujuan pertama kali adalah pemberontakan melawan Belanda dari tanah air.

Akhirnya dengan sangat terpaksa Mas Garendi beserta pasukannya mundur meninggalkan Benteng Kartasura dan lari ke Gunung Kidul dan lereng Gunung Merapi termasuk Adipati Martoloyo atau Pangeran Gambir Anom, Sedangkan Pangeran Garendi lari ke Pasuruaan. Saat Pangeran Gambir Anom bersemedi untuk memohon petunjuk Kepada Tuhan Yang Maha Esa beliau menerima wangsit agar meninggalkan goa ke arah timur dan di temani seekor burung Gagak, di sebuah pohon beringin besar dan lebat daunya burung gagak tersebut berhenti dan tidak terbang lagi.

Kemudian Pangeran Gambir Anom beserta pengikutnya mendirikan padepokan di daerah tersebut, dan untuk mengenang jasa burung gagak tersebut maka Pangeran Gambir Anom menetap dinamakan Dusun Gagak Sipat